JIB-04

目录号:S7281 别名: NSC 693627

仅限科研使用

JIB-04 (NSC 693627)是一种广谱的选择性Jumonji histone demethylase抑制剂,无细胞试验中对JARID1A,JMJD2E,JMJD3,JMJD2A,JMJD2B,JMJD2C和JMJD2D的IC50分别是230 nM,340 nM,855 nM,445 nM,435 nM,1100 nM和290 nM。JIB‑04还可诱导细胞凋亡。

JIB-04 Chemical Structure

CAS: 199596-05-9

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产品安全说明书

Histone Demethylase抑制剂选择性比较

生物活性

产品描述 JIB-04 (NSC 693627)是一种广谱的选择性Jumonji histone demethylase抑制剂,无细胞试验中对JARID1A,JMJD2E,JMJD3,JMJD2A,JMJD2B,JMJD2C和JMJD2D的IC50分别是230 nM,340 nM,855 nM,445 nM,435 nM,1100 nM和290 nM。JIB‑04还可诱导细胞凋亡。
靶点
JARID1A [1]
(Cell-free assay)
JMJD2D [1]
(Cell-free assay)
JMJD2E [1]
(Cell-free assay)
JMJD2B [1]
(Cell-free assay)
JMJD2A [1]
(Cell-free assay)
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230 nM 290 nM 340 nM 435 nM 445 nM
体外研究

JIB-04 以癌症选择性的方式引起转录改变,包括下调增殖基因,上调抗增殖/前凋亡基因。JIB-04能够以IC50低至10 nM的水平阻碍肺癌、前列腺癌细胞系的增殖,同时在HBECs和PrSCs/PrECs中产生较少的抗增殖活性。[1]

Assay
Methods Test Index PMID
Western blot H3K9me2 / H3K9me3 / H3K27me3 / H3K4me3 / TIMP1 / ANP αCD133 30531796 29700375
Immunofluorescence DNA-PKcs 30355483
Growth inhibition assay Cell viability 30237855
体内研究 在两个小鼠异种移植模型(H358或A549)中,JIB-04减少肿瘤生长,降低肿瘤中Jumonji组蛋白脱甲基酶的活性,延长肿瘤患者生存时间。[1]

推荐的实验操作(此推荐来自于公开的文献所以Selleck并不保证其有效性)

激酶实验:

[1]

  • Jumonji脱甲基酶/脯氨酰羟化酶/LSD1活性检测:

    活性JMJD2E氨基酸1-350从E.coli中纯化,体外环境中与α-酮戊二酸,5-10 μM铁离子,抗坏血酸,组蛋白肽段基质一起使用,偶联反应时加入甲醛脱氢酶和NAD+来定量NADH的生成量,或使用Epigentek kit P-3081。组蛋白脱甲基反应结果通过Western分析来定量,构建His-tagged hJMJ2D氨基酸1-350表达体系,E.coli表达产物通过Qiagen Ni-NTA琼脂糖手册进行纯化。蛋白用50 mM TrisHCl pH 7.8+0.3 M NaCl + 10%甘油+200 mM immidazol洗脱,后用20 mM TrisHCl pH 7.4,0.15 M NaCl,0.2 mM PMSF,0.5 mM DTT,8%甘油透析。蛋白分装,速冻、储存在-80°C。Western blot中,~1.5 μg酶与0.3 μg H3K9me3基质(Active Motif #31213),10 μM (NH4)2Fe(SO4)2,1 mM α-酮戊二酸,2 mM L-抗坏血酸钠在50 mM pH 7.9溶液中混合,与溶媒或药物在37°C孵育30min-2hrs。加入SDS loading buffer后,煮沸,样品在NuPage 4-12% Bis-Tris胶上电泳,转膜,用Upstate #07-523处理硝化纤维素膜以检测H3K9me3。H3总信号是通过Active Motif #39763和连接IRDye 680的驴抗兔IgG(二抗, LI-COR # 926-32223),在Odyssey Infrared成像系统中获取图像。体外IC50检测和竞争性试验,100-200 ng纯化蛋白与溶媒、JIB-04或类似物共孵育,通过ELISA(H3K9me3去甲基作用:Epigentek kit P-3081,H3K4me3去甲基作用:P-3083,H3K27me3去甲基作用:P-3085)检测活性,反应液包含50mM Hepes pH 7.5,0.01% Tween 20,120nM (NH4)2Fe(SO4)2,1 mMα-酮戊二酸,2 mM L-抗坏血酸钠,50ng肽段基质。最终酶浓度分别为:206 nM JMJD2A,12 nM JMJD2B,60 nM JMJD2C,90 nM JMJD2D E.coli,30 nM JMJD2D Sf9,30 nM JMJD2E,30 nM Jarid1a,35 nM JMJD3。E.coli表达的hJMJD2A(氨基酸1-350)纯化后以每孔400 ng的量进行检测。通过GraphPad Prism软件计算IC50和进行曲线拟合。需要注意的是在基质竞争性试验中, 应该使分析处于线性范围并且不超出ELISA板的结合能力。细胞裂解物的H3K9me3脱甲基酶活性的直接测定:超声处理细胞(细胞接种浓度为2x10E+06/10cm板)或肿瘤PBS匀浆(3x4 sec),等量的蛋白与组蛋白H3K9me3基质在反应液中37°C孵育2h后,用Epigentek kit P-3081进行免疫检测。500 ng E.coli表达的PHD2纯化蛋白,溶于40mM Tris pH 7.4,100mM NaCl,20% glycerol,5mM β-mercapto-ethanol,10mM 麦芽糖备用。从HIF-1 ODD分离出的生物素化的肽段固定在亲和素包裹的96孔板中。酶与被试药物在反应液(20 mM Tris-Cl pH 7.5,5 mM KCl,1.5 mM MgCl2,2 mM DTT,0.12 μM硫酸亚铁,0.5 mM戊邻酮二酸盐,1 mM抗坏血酸)中室温孵育45min。α-酮戊二酸的竞争性类似物DMOG作为抑制作用的阳性对照。肽段羟基化是通过对羟基化HIF肽表位使用多克隆兔抗体,再加入连接羊抗兔HPR的二抗。EnVision上读取发光值。LSD1重组蛋白活性通过使用Epigentek kit P-3075检测。

细胞实验:

[1]

  • Cell lines: 人肺癌细胞系(LCa),原代或非致癌细胞系HBECs,前列腺癌(PCa),原代前列腺基质细胞(PrSC)和前列腺上皮细胞(PrEC)。
  • Concentrations: ~10 μM
  • Incubation Time: 96小时
  • Method:

    以每孔1500-3000细胞接种至96孔板,次日开始以递增浓度的化合物处理细胞4天后,用MTS标准分析法用Promega’s Cell Titer或Cell Titer-Glo试剂测试细胞活性,使用Spectra Max或FlouroStar Omega酶标仪读取490 nm和650 nm的吸光度。每种细胞系进行2-5次独立测试,每次包含4-8个测试孔。IC50 通过DIVISA软件计算得到。

动物实验:

[1]

  • Animal Models: H358或A549小鼠异种移植模型
  • Dosages: 110 mg/kg (H358,腹腔注射),55 mg/kg (A549, 灌胃)
  • Administration: 灌胃或腹腔注射

溶解度(25°C)

体外

体内

从左到右依次将纯溶剂加入产品,现配现用(数据来自Selleck实验检测而非文献):
4% DMSO+corn oil

3mg/mL

* 溶解度检测是由Selleck技术部门检测的,可能会和文献中提供的溶解度有所差异,这是由于生产工艺和批次不同产生的正常现象。请按照顺序依次加入各个纯溶剂。

化学数据

分子量 308.76
化学式

C17H13ClN4

CAS号 199596-05-9
储存条件 3年 -20°C 粉状
2年 -80°C 溶于溶剂

动物体内配方计算器(澄清溶液)

第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)

mg/kg g μL

第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶于水的药物;不同批次药物配方比例不同,请联系Selleck为您提供正确的澄清溶液配方)

% DMSO % % Tween 80 % ddH2O
%DMSO %

计算结果:

工作液浓度: mg/ml;

DMSO母液配制方法: mg 药物溶于μL DMSO溶液(母液浓度mg/mL,:如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请先联系Selleck);

体内配方配制方法:μL DMSO母液,加入μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入μL ddH2O,混匀澄清。

体内配方配制方法:μL DMSO母液,加入μL Corn oil,混匀澄清。

注意:1. 首先保证母液是澄清的;
2.一定要按照顺序依次将溶剂加入,进行下一步操作之前必须保证上一步操作得到的是澄清的溶液,可采用涡旋、超声或水浴加热等物理方法助溶。

摩尔浓度计算器

质量 浓度 体积 分子量

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常见问题及建议解决方法

问题 1:
Do you have any suggestion for in vivo study please? (Cat. S7281, via injection)

回答:
For IP or sub cutaneous injection, The compound is soluble in 4% DMSO+30% PEG 300+5% Tween 80+ddH2O at 3 mg/ml. But when water added, it turned yellowish green immediately. We are not sure if the compound was still fine in this vehicle. So we tried to use oil. 3mg of this compound dissolves in 40ul of DMSO clearly, and it can be dilute with corn oil at any proportion.

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